短程分子蒸餾器是在遠(yuǎn)低于沸點(diǎn)的溫度下進(jìn)行操作的：
短程分子蒸餾器在特定的溫度下運(yùn)行其壓力越低所產(chǎn)生的氣體分子的平均自由的程度就會越大，分子蒸餾的蒸發(fā)空間的壓力低的時候其冷凝表面就會靠近蒸發(fā)的表面。從蒸發(fā)表面汽化的蒸汽分子，可以不和其它的分子進(jìn)行碰撞，設(shè)備可以直接符合其冷凝表面而冷凝，設(shè)備中分子蒸餾是一種特定的液，不同于傳統(tǒng)的蒸餾依靠其沸點(diǎn)差來分離。
短程分子蒸餾器運(yùn)行的過程中其液體混合物會沿著加熱板的流動被加熱，由于其輕重分子的自由程度不同，所以其不同物質(zhì)的分子從液面逸出后移動距離不同。要是能恰當(dāng)?shù)脑O(shè)置在一塊冷凝板上，其輕分子符合冷凝板被冷凝排除，這樣重分子達(dá)不到冷凝板沿著混合排出，這樣可以在一些情況下實(shí)現(xiàn)其物質(zhì)分離的目的。
短程分子蒸餾器得溫度越低其分子蒸餾是在遠(yuǎn)低于沸點(diǎn)的溫度下進(jìn)行操作，只要存在溫度差就可以 符合其分離的目的，這就是常規(guī)蒸餾和分子蒸餾的本質(zhì)的區(qū)別。它的真空度比較高，其里面可以獲得比較高的真空度，通常情況下分子蒸餾在低的壓強(qiáng)下進(jìn)行操作，所以物料是不易氧化受損的，物料受熱時間短，在蒸餾溫度下停留時間一般。
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